PhytoCyt™装备一蓝一红两个激光发射器，两个散射探测器和四个带有干扰滤光片的荧光探测器，这种滤光片可以充分优化内源性荧光的探测，从而有效地检测常见的浮游植物，包括藻红蛋白，叶绿素和藻蓝蛋白。其中一个探测器被优化用作绿色荧光探测器，如有需要可以使用外源试剂进行标记。PhytoCyt™拥有一套完整的数据采集系统，可以显示采样后的分析数据以及没有做任何处理的原始数据文件。
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